S. Darko berikut Samantha Darko, adik dari Donnie, protagonis dari Donnie Darko, dan temannya Corey. Dalam perjalanan mereka ke California, mobil mereka rusak, memaksa mereka untuk menunggu di sebuah kota kecil sampai itu adalah tetap. Sementara di sana, Samantha mulai memiliki mimpi yang memperingatkan dia dari ujung alam semesta.